望洋の猫

分からなくて右往左往してる猫が同じような猫に共有するためのブログ

bioinfo

fastqからplinkで解析できるまでのツール全部載せin docker@windowsPC

はじめに 環境構築編 最終的なフォルダ構成 使い方編 例 補足 はじめに NGSの解析ってmac持ってないと話にならない感ある。 次世代シークエンサーDRY解析教本作者:清水厚志,坊農秀雅学研メディカル秀潤社Amazon でもwiondowsしか持ってない人もいると思うし…

genemapper2structure

サーモ genemapper>result tableをstructureのinput fileに近いものにするやつ python3で書きました。 こちらにあります sites.google.com

Samtoolsが動かなくなったときは新しい仮想環境を作ってsamtools専用にする

22/11/23追記 以下の記事は古いもので、dockerを使えば無問題ということがわかりました。せっかく書いたので残しておきます。dockerについては以下の記事にしました。 shioiyan.hatenablog.com 起こった現象 anacondaに入れているsamtoolsが動かない。エラー…